具体的消化内镜诊疗方案必须基于每一位患者的具体病情制定，强调规范化和个体化的高度统一。
一、任何不明原因的慢性腹痛、腹泻患者，尤其是伴有发热、消瘦、生长发育迟缓及肛瘘的青少年和儿童，为明确诊断和鉴别诊断，都应该及时行消化内镜检查。
二、消化内镜在IBD检查和治疗中具有重要作用，但是，消化内镜检查和治疗及其术前的肠道准备是有风险的。应在充分评估消化内镜检查和治疗指征(包括适应证和禁忌证)基础上安全、有效、及时地实施消化内镜检查和治疗。
三、疑诊IBD患者在实施消化内镜检查和治疗及其术前肠道准备前，若临床表现提示可能存在肠道狭窄或穿透性病变，应常规通过腹部立位平片或者腹部CT等影像学检查评估确认是否有肠道狭窄和穿透性病变等消化内镜检查禁忌证。若有肠梗阻和/或肠穿孔，或者充分评估后消化内镜检查可能弊大于利，则应推迟消化内镜尤其是结肠镜、胶囊内镜或小肠镜检查，可以CT或MRI等影像学检查代替消化内镜检查。
四、为确保消化内镜检查和治疗的安全性和规范性，原则上应该由在消化内镜诊疗和IBD诊疗两方面均具有丰富理论知识和临床经验的医师实施IBD患者的消化内镜检查和治疗。
五、由于CD可累及从口腔到肛门的全消化道任何部位，疑诊CD时，除非有禁忌证，原则上应进行全消化道内镜检查，包括结肠镜、胶囊内镜或小肠镜及胃镜检查。
六、虽然UC主要累及直肠及结肠，但是，部分UC可有跳跃性阑尾内口周围炎症、回盲瓣炎症和倒灌性回肠炎，同时，部分CD患者也有类似UC的结直肠炎症，因此，为了明确诊断和鉴别诊断以及全面评估病情，疑诊UC患者，尤其是结肠镜所见肠道病变不典型时，也应接受全消化道内镜检查，包括结肠镜、胶囊内镜或小肠镜及胃镜检查。
七、在评估IBD疗效时，主要依据既往消化内镜和影像学检查所见病变部位和患者对治疗的临床应答情况，酌情选择结肠镜、胶囊内镜或胃镜检查，不必进行全消化道内镜检查。
八、在IBD病情复发时，除了参考既往消化内镜和影像学检查所见的病变部位外，主要依据当前病情，酌情选择结肠镜、胶囊内镜或小肠镜及胃镜检查，必要时进行全消化道内镜检查。
九、在IBD病情随访和肠道癌变监测时，除了参考既往消化内镜和影像学检查所见的病变部位外，还要参考IBD病程长短以及是否并发原发性硬化性胆管炎，在合理的时段和间隔期酌情选择结肠镜、胶囊内镜或小肠镜及胃镜检查。
十、IBD患者结肠镜、胶囊内镜或小肠镜检查前原则上应进行肠道清洁。但是，如果患者一般情况较差、肠道病变严重，可在清洁灌肠后进行结肠镜检查。必要时，可不经过任何肠道准备直接进行急诊结肠镜检查，进镜深度视患者病情和肠道清洁情况而定，如果风险和难度较大，可仅达直肠或乙状结肠，了解肠道基本病变即可。
十一、IBD患者消化内镜检查前常用的肠道清洁剂为聚乙二醇制剂，效果较好，副作用较少，可根据患者病情酌情选择2L法或4L法。若肠道准备时出现明显腹痛，而且呈逐渐加重趋势，宜暂停肠道准备，并立即行腹部立位平片或腹部CT等影像学检查，了解有无肠梗阻或肠穿孔等急腹症。若无肠梗阻或肠穿孔，可以更慢的速度继续进行肠道准备，并密切观察病情变化。若诱发或加重肠梗阻和/或肠穿孔，应基于多学科协作妥善处理。部分患者可采用复方匹可硫酸钠进行肠道清洁，其优点是只需要mL温水溶解，可分两次口服，患者耐受性好，肠道清洁度也不差于复方聚乙二醇电解质散。西甲硅油等消泡剂有助于提升肠道清洁质量，可酌情使用。
十二、为了避免多次肠道准备，若患者病情需要而且病情允许时，可在一次肠道清洁后，按胶囊内镜、胃镜和结肠镜顺序一次性完成消化内镜检查。但是，结肠镜检查时活检可引起下消化道黏膜溃疡出血，会影响胶囊内镜检查结果。
十三、可通过结肠镜、胶囊内镜或小肠镜和胃镜检查分别了解IBD患者下消化道、中消化道和上消化道溃疡性病变、增生性病变、狭窄性病变和穿透性病变。由于小肠镜能够通过染色、放大和超声检查对小肠黏膜病灶进行更仔细的观察，能够对小肠病变进行黏膜活检及病理学检查，对于小肠溃疡性病变的诊断和鉴别诊断，小肠镜检查较胶囊内镜检查更有价值，宜优先选择小肠镜检查。但是，小肠镜检查较胶囊内镜检查操作更复杂、风险更大、费用更高。
十四、IBD患者行结肠镜检查时，结肠镜原则上应该常规深入回肠末端。但是，如果患者一般情况较差、肠道病变严重、进镜难度较大，不强求完成全结肠及回肠末端检查，进镜深度适可而止，以免引起肠穿孔等并发症。
十五、色素内镜、放大内镜和共聚焦内镜等检查能够更好地显示消化道病变部位黏膜表面显微病变特征和黏膜层血管病变特征，有助于IBD的诊断、鉴别诊断、病情随访和肠道癌变监测。
十六、超声内镜能够显示消化道管壁全层以及管壁外网膜、系膜和淋巴结声像学特征，对消化道溃疡性病变(尤其是局限性或孤立的溃疡性病灶)具有重要的诊断和鉴别诊断价值。此外，超声内镜检查对IBD相关的消化道狭窄和穿透性病变的诊断也有一定的帮助。
十七、CD典型的内镜特征是消化道节段性病变和纵行溃疡，也可为局限性或者孤立性溃疡性病变，可见狭窄或者穿透性病变，病变早期可表现为阿弗他样溃疡，病变反复发作时残留肠道黏膜可呈铺路石样改变，愈合期病变肠道可有炎性息肉和溃疡疤痕。超声内镜检查可见病变处消化道管壁全层增厚，以黏膜层及黏膜下层增厚较明显，黏膜下层回声多有减低，管壁各层层次可见。
十八、UC典型的内镜特征是从邻近肛门的直肠开始并且逐渐向近端直肠及结肠蔓延的连续性、弥漫性、溃疡性病变，病程早期或局部治疗后直肠黏膜病变较轻或大致正常，可有跳跃性阑尾内口周围炎症、回盲瓣炎症和倒灌性回肠炎。色素内镜和放大内镜检查时可见病变肠道黏膜隐窝改变，部分呈珊瑚样改变，部分早期初发UC的直肠黏膜可呈绒毛样改变。超声内镜检查可见病变累及直肠及结肠黏膜及黏膜下层，多以黏膜层为主，严重时也可累及黏膜下层甚至管壁全层，管壁各层层次可见。
十九、若无禁忌证，IBD患者行结肠镜、小肠镜和胃镜检查时应常规对消化道病变黏膜进行活检。既往主张多部位、多块随机活检。目前主张在色素内镜和放大内镜引导下对消化道病变黏膜进行靶向活检。随机活检和靶向活检各有优缺点，宜酌情取舍。相对而言，手术切除标本较消化内镜活检标本的病理学检查结果具有更好的诊断价值。
二十、为了更好地对IBD进行诊断和鉴别诊断以及监测IBD继发的消化道感染性疾病和肠道癌变，消化道黏膜活检标本除了常规病理检查外，有时还需要行免疫组织化学染色、病原学检查、分子生物学检查以及特殊染色(如刚果红染色)等检查。
二十一、IBD患者进行胶囊内镜检查前除了必须确认有适应证外，还必须通过腹部立位平片或腹部CT等影像学检查排除消化道狭窄或穿透性病变等禁忌证，尤其是排除消化道梗阻或穿孔，以免胶囊诱发或加重消化道梗阻，或者胶囊通过消化道穿孔误入胸腔、腹腔、盆腔以及膀胱等空腔脏器。
二十二、胶囊内镜检查后胶囊通常在72h内随大便排出，超出2周未排出称为胶囊滞留。由于CD常并发肠道狭窄或者穿透性病变，CD患者胶囊内镜检查后胶囊滞留并不少见。由于胶囊内含金属成分，通过腹部平片或腹部CT等检查即可清晰、准确地显示胶囊是否滞留、滞留的位置以及是否引起了肠梗阻和/或肠穿孔。
二十三、确认IBD患者胶囊内镜检查后胶囊滞留时，如果胶囊没有诱发或加重肠梗阻和/或肠穿孔，可以严密观察，不必紧急处理；如果胶囊诱发或加重肠梗阻和/或肠穿孔，或者胶囊通过消化道穿孔误入胸腔、腹腔、盆腔以及膀胱，宜在多学科协作基础上充分评估IBD患者病情，在确认有治疗指征并进行充分准备后，酌情选择消化内镜、腔镜或外科手术治疗取出胶囊。
二十四、IBD患者胶囊内镜检查时，滞留的胶囊通常位于病变较严重部位。由于胶囊内含有金属成分，CT或MRI检查时会在胶囊滞留部位产生直径约3～5cm光斑，干扰后续CT或MRI检查结果。因此，为了规避胶囊滞留以及胶囊滞留对CT或MRI检查结果的干扰，宜先行CTE、MRE或盆腔MRI这类影像学检查，再酌情决定是否行胶囊内镜检查。
二十五、CD消化道病变比较复杂，一部分患者以消化道黏膜层病变为主，另外一部分患者以消化道管壁和管壁外的网膜、系膜为主，而消化内镜检查主要在于了解消化道黏膜层病变，CTE或MRE等影像学检查主要在于了解消化道管壁和管壁外的网膜、系膜和淋巴结病变，因此，不能因为消化内镜检查或影像学检查未见异常就否认消化道病变，两者是互相补充，不能够互相替代，对于IBD的诊断和鉴别诊断都是必要的。
二十六、消化内镜检查对IBD疗效评估和疾病活动度监测具有重要作用。通过消化内镜检查及黏膜活检标本病理学检查能够了解IBD经过治疗后消化道溃疡是否达到内镜下黏膜溃疡愈合(内镜缓解)及黏膜炎症是否完全消退(组织学缓解)。目前对IBD治疗后应答良好的基本标准是内镜缓解，较高的标准是组织学缓解，更高的标准是功能缓解。由于消化内镜检查时钳取的黏膜活检标本有局限性，尚不足以评估消化道管壁全层炎症消退情况。
二十七、消化内镜对于IBD并发的狭窄性病变、穿透性病变、脓肿、消化道大出血以及消化道癌变具有一定的治疗作用，但应严格掌握适应证和禁忌证，并充分权衡利弊，避免在活动期尤其是炎症明显甚至严重时进行内镜治疗。
二十八、IBD并发消化道梗阻时，如果IBD处于活动期，尤其是消化道炎症明显甚至严重时，不宜行内镜下扩张或切开来解除肠梗阻，可酌情选择内镜下置入可回收覆膜支架或导管缓解肠梗阻，如果消化内镜治疗不成功或者风险太大，可基于多学科协作选择外科手术治疗解除肠梗阻，而且应该优先考虑一期造口、二期甚至三期吻合；如果IBD处于缓解期，或者虽然处于活动期，但消化道炎症得到明显控制时，则可行内镜下治疗，包括扩张、切开以及支架置入等。IBD并发的炎症性狭窄导致的消化道梗阻可通过内科治疗解除，不必行内镜下治疗或者手术治疗。
二十九、IBD并发急性消化道穿孔并导致明显感染时，或者消化内镜检查时出现急性穿孔时，如果IBD处于活动期，尤其是消化道炎症明显甚至严重时，不宜行内镜下治疗闭合穿孔，宜行急诊外科手术治疗，为避免出现吻合口瘘，不宜行一期吻合，宜行一期造口、二期甚至三期吻合；如果IBD处于缓解期，或者虽然处于活动期，但消化道炎症得到明显控制时，如果病情允许，则可选择内镜治疗，包括钛夹缝合、OTSC夹闭或圈套结扎。
三十、IBD并发消化道大出血时，如果IBD处于活动期，尤其是消化道炎症明显甚至严重时，在积极的综合性治疗的同时，可考虑行内镜下注射含去甲肾上腺素高渗盐水止血或高频电凝止血，不宜行止血夹止血，因为出血灶及其邻近消化道管壁脆弱，难以支撑止血夹钳夹，若贸然行止血夹止血，不仅无法有效止血，反而会进一步加重出血甚至诱发消化道穿孔；如果IBD处于缓解期，或者虽然处于活动期，但消化道炎症得到明显控制，则可行止血夹钳夹止血。如果消化内镜下无法有效止血，可酌情选择DSA或者外科手术治疗止血。
三十一、IBD并发消化道胸腔、腹腔、盆腔及肛周脓肿时，若脓肿直径大于2cm，脓肿紧邻消化道而且便于超声内镜操作，在严格掌握适应证和禁忌证并进行充分准备后，医院由有经验的医师使用直视型超声内镜行内镜下脓肿穿刺引流或切开引流。若充分评估提示超声内镜引导下脓肿穿刺引流或切开引流难度较大，或者可能弊大于利，则应选择超声或CT引导下的脓肿穿刺引流或切开引流。
三十二、IBD并发的炎性息肉原则上不需要内镜治疗。但如果息肉较大且继发明显出血甚至消化道大出血，或者引起消化道狭窄甚至梗阻时，则宜在严格掌握适应证和禁忌证并进行充分术前准备后，在IBD缓解期，或者虽然在活动期，但炎症得到明显控制时，择期行内镜下切除息肉。
三十三、IBD并发肠道黏膜异型增生依据病变形态分为息肉样、非息肉样、内镜不可见病变，依据异型程度分为不确定型、低级别、高级别。对于不确定型异型增生，宜进一步检查确认。对于任何形态的低级别异型增生，有消化内镜治疗指征时，原则上应该行消化内镜黏膜下剥离术(ESD)完整切除病灶，并依据消化内镜切除标本病理学检查结果酌情考虑后续的治疗、监测和随访。对于息肉样高级别异型增生，有内镜治疗指征时，可选择内镜下ESD完整切除病灶，并应根据内镜切除标本的详细病理学检查结果酌情考虑是否需要追加外科手术治疗以及后续的治疗、监测和随访。对于部分孤立性非息肉样高级别异型增生，如果没有其它肠段非息肉样病变及不可见异型增生，有消化内镜治疗指征时，可行内镜下ESD完整切除病灶，术后应根据内镜切除标本病理学检查结果择期进行内镜随访和监测。行ESD患者再发生肠道黏膜异型增生的风险增加10倍，因此，推荐ESD后3～6个月内采用染色内镜监测，如无异常，可每年监测。多发非息肉样高级别异型增生和内镜不可见高级别异型增生，若经过充分评估后有手术指征，宜行外科手术治疗，酌情选择病变肠段切除或大肠次全切除，术后应根据患者病情和手术切除标本病理学检查结果择期进行内镜随访和监测。鉴于IBD并发的肠道癌变具有多中心性、进展较快、预后较差的特点，而且还可能与后续IBD治疗有冲突，原则上内镜治疗适应证宜从严掌握，外科手术治疗适应证宜从宽掌握。
三十四、妊娠期IBD患者行结肠镜和胃镜检查是相对安全的，但考虑到对胎儿潜在的不良影响，如非必要，妊娠期前3个月及后3个月不宜行胃镜和结肠镜检查。由于胶囊内镜和磁控胶囊内镜可能对胎儿有潜在的不良影响，妊娠期IBD患者应该避免行胶囊内镜和磁控胶囊内镜检查。
三十五、儿童IBD患者结肠镜、小肠镜或胃镜检查原则上应该在麻醉下进行，同时选择适当规格的消化内镜进行检查。由于胶囊可能误入气管引起窒息，8岁以下儿童IBD患者，尤其是行为控制能力较差时，不宜行胶囊内镜和磁控胶囊内镜检查，可以MRI代替胶囊内镜和磁控胶囊内镜检查。
三十六、老年IBD患者消化内镜检查时应该高度